Neste tipo de estudo, a diversidade das comunidades microbianas de Bactérias e Fungos é avaliada com recurso à análise metagenómica, ou seja, através do estudo do conjunto dos genomas de todos os organismos presentes num dado ambiente. Esta abordagem permite identificar um conjunto representativo de populações microbianas presentes na amostra. Com esta caracterização, é espectável identificar as comunidades microbianas presentes, bem como a sua abundância relativa, associando uma predição sobre a presença de grupos e impacto desses mesmos grupos para o ambiente/ecossistema.